Anacondaとは
Anacondaは数値計算とかに便利なライブラリが一式つまったpythonのディストリビューションです。
Download Anaconda Python Distribution
Windows版Anacondaのsilent install
Windowsの場合exe形式のインストーラーがあります。GUIのウィザードで簡単にインストールできますが、 コマンドひとつでサイレントインストールすることもできます。
Anaconda Install — Continuum documentation
Anaconda-2.x.x-Windows-x86[_64].exe /S /D=C:\Anaconda
/Sというオプション（スイッチ）がポイントですね。 /Dには導入するフォルダを指定します。一番最後に指定しましょう。 これでインストールではできるのですが、PATHの設定や使用ユーザーを設定したいときには次のようなオプションを設定できます。
/InstallationType=AllUsers [default:JustMe]/AddToPath=[0|1] [default:1]/RegisterPython=[0|1] [default:AllUsers:1, JustMe:0]
ちなみにこれらは/?というオプションをつけて実行すると確認できます。
例えばすべてのユーザー用にインストールし、PATHやRegistryを登録するサイレントインストールの方法は以下のコマンドになります。
ただしPATHやRegistryにきちんと登録するためには、コマンドプロンプトのアイコンのコンテキストメニュー（右クリックメニュー）から「管理者として実行」(Run As Administrator)で起動してから以下のコマンドを実行してください。
Anaconda-2.x.x-Windows-x86[_64].exe /InstallationType=AllUsers /AddToPath=1 /RegisterPython=1 /S /D=C:\Anaconda
バッチファイルで実行する場合
コマンドは一瞬で終了しますが、実は裏側でインストーラーが動いています。
バッチファイルなどでインストールが完了するまで待つためにはstartコマンドの/waitオプションを使います。詳しくはstart /?を参照してください。
以下は、32bit版Anacondaの2.0.1版をすべてのユーザー用にC:\Anacondaにインストールし、PATHとレジストリの設定まで行うものです。
set FILENAME=Anaconda-2.0.1-Windows-x86.exe set PATHTO=C:\Anaconda start "Anaconda Install" /wait "%FILENAME%" /S /InstallationType=AllUsers /AddToPath=1 /RegisterPython=1 /D=%PATHTO%
上のようにインストール先を変数で渡す場合、/D="%PATHTO"と書くとうまく行きません。
C:\Program Files\Anacondaのようにパスに空白を含む場合でも/D=%PATHTO%と書きましょう。
変数で渡さず直接インストール先のパスを書く場合は、/D=C:\Program File\Anacondaと書いても/D="C:\Program Files\Anaconda\"と書いてもどちらでも大丈夫なようです。